В июне 2000 года в ОКБ был создан отдел госпитальной эпидемиологии. Основной задачей отдела является организация и внедрение в практическую деятельность больницы действенного эпидемиологического надзора (эпиднадзора) и соответствующих его результатам эффективных мероприятий. Основой для разработки системы эпиднадзора стала Концепция профилактики внутрибольничных инфекций в Российской Федерации 2000 года и другие регламентирующие документы.