Областная прозектура с 1925 года базировалась в патологоанатомическом корпусе Омского медицинского института. Систематически проводились патологоанатомические вскрытия, а затем и исследование операционного и биопсийного материала. С 1938 по 1965 г. кафедру патанатомии ОГМИ и прозектуру возглавлял ученик академика А. И. Абрикосова профессор И. С. Новицкий, который внес большой вклад в организацию и становление отделения. Он стал основоположником омской школы патологоанатомов, в которой наметилась четкая клинико-анатомическая направленность. В 1964 году прозектуру ОКБ возглавил ученик И. С. Новицкого профессор А. С. Зиновьев, который не только поддержал развитие школы, но и обеспечил совершенствование организации и поднял уровень патологоанатомической службы Омской области.
После ввода в эксплуатацию зданияОКБ на ул. Березовой был открыт и новый патологоанатомический корпус. Курировал строительство А. С. Зиновьев, а возглавил его талантливый врач Д. Н. Молодых. С этого же времени вводится система подготовки врачей-патологоанатомов через интернатуру. Патологоанатомическое отделение ОКБ становится консультативным и организационно-методическим центром патологоанатомической службы Омской области.
В 1979 году по рекомендации главного патологоанатома Омской области профессора А. С. Зиновьева заведующим патологоанатомическим отделением назначается опытный прозектор Подойников Михаил Владимирович. Под научным руководством профессора А. С. Зиновьева, а с 2000 года - профессора А. В. Кононова коллектив отделения решает следующие задачи: подготовка кадров, осуществление современных форм организации труда, техническое перевооружение отделения, применение современных методик при работе с биопсийным и секционным материалом, привлечение врачей к научной работе. Современные формы организации труда в отделении заключаются в распределении между лаборантами различных функциональных обязанностей, введении бригадно-конвейерного метода работы с большим потоком биопсийного и операционного материала.
За последние годы улучшилась материальная база отделения, проведен капитальный ремонт. Для отделения приобретены столики электронагревательные СЭН-80 мп с реле-регулятором (таймер) ТРМ501, составлен план переоборудования прозектуры на 2005 - 2008 гг. Это позволит решать сложные диагностические задачи для узкоспециализированных отделений ОКБ, особенно по разделам гастроэнтерологии, гематологии, нейроонкологии. В повседневной практике применяются 15 гистохимических и цитологических методик.
В наше время работа с секционным материалом не утратила своего значения. В областной клинической больнице процент вскрытий составляет до 95 %. Анализ секционного материала, который регулярно проводится в отделении, всегда востребован администрацией больницы, так как он отражает уровень лечебно-диагностической работы в ОКБ и позволяет планировать мероприятия по его улучшению.
В настоящее время в отделении работают врачи С. Г. Ситникова, Э. В. Яковлева, А. В. Павлов, В.А. Мамонтов, Г.Б. Павлинов.
Научно-практическая работа в отделении активизировалась с 2001 года под руководством профессора Кононова Л. В.
Основной задачей отделения остается обеспечить своевременную и точную прижизненную морфологическую диагностику различных заболеваний и патологических процессов.
